Penjaringan kesehatan merupakan salah satu bentuk dari pelayanan kesehatan yang bertujuan untuk mendeteksi dini siswa yang memiliki masalah kesehatan agar segera mendapatkan penanganan sedini mungkin. Penjaringan kesehatan dilakukan pada peserta didik kelas 1 SD, kelas 7 SMP yang meliputi pemeriksaan kebersihan perorangan (rambut, kulit dan kuku) pemeriksaan status gizi melalui pengukuran antropometri, pemeriksaan ketajaman indera (penglihatan dan pendengaran), pemeriksaan kesehatan gigi dan mulut, pemeriksaan laboratorium untuk anemia dan kecacingan, dan pengukuran kebugaran jasmani. Selain itu pada peserta juga dilakukan skrining mengenai keadaan kesehatan umum, kesehatan mental remaja, intelegensia dan reproduksi melalui self assessment serta bahan edukasi/konseling.